在处理论文引用在万方查重时，首先需要确保引用格式规范，包括作者、题目、期刊、年份等信息的准确性。其次，要注意引用的完整性，避免遗漏关键信息。另外，可以借助专业的查重软件，如Turnitin、iThenticate等，对引用部分进行查重，确保文献引用的准确性和合规性。

此外，还可以通过调整引用格式、增加引用内容的多样性、避免过度引用等方式来提高论文引用在万方查重的通过率。同时，注意引用的时效性，避免引用过时文献。最重要的是，要保持引用的原创性，避免抄袭现象的发生，确保论文的学术诚信性。